将温病发生发展过程中所出现的证候按上、中、下三焦归纳为三类证型， 以辨明病位深浅，病情轻重和病势趋向的辨证方法。三焦辨证是清代医学家吴瑭(字鞠通，1758～1836)首创。他在吴有性、叶桂著作的启发下，对温病进行研究， 于1798年撰成《温病条辨》一书，提出温病三焦辨证的规律，阐述清热养阴等治疗法则，并拟订了较多的治疗方剂。该书以三焦为纲， 以证为目， 对所倡之三焦辨证分条加以论述， 对温病学的发展作出了贡献。但近代医家多采用卫气营血辨证作为温病的辨证方法。

三焦辨证提出温病始于上焦， 次传中焦， 终于下焦。其病证， 在上焦包括肺与心包的证候， 中焦包括脾和胃的证候， 下焦包括肝与肾的证候。温病由口鼻而入， 鼻气通于肺， 口气通于胃。肺病逆传， 则为心包。上焦不治， 则传中焦胃与脾; 中焦病不治， 则传下焦肝与肾。

三焦与卫气营血两种辨证方法在临证运用上是相互联系和基本一致的。卫气营血辨证代表病邪由表入里， 由浅入深; 三焦辨证则代表病邪由上而下， 由轻到重。卫分证多指上焦证候，气分证多指中焦证候，营分血分证多指下焦证候。这两者都是归纳温病在各个阶段出现的病证。

上焦病证 外感病初期， 其证属表， 病位在肺与皮毛， 与卫分病证相似。病畜主要表现是：病初恶寒，热象不明显， 须在数日后出现， 眼闭头低， 耳耷， 气粗， 或有咳嗽， 舌色淡红， 薄白苔， 脉浮等。若逆传心包， 则畜体出现灼热、神昏等症状。

中焦病证 由于上焦病未解， 邪入中焦， 病位和病变主要是脾、胃、肠， 为温病的高热阶段。与卫气营血辨证的气分病证相似。证见高热、汗出、口渴、气喘、食欲不振、肚腹胀满、尿短赤， 口色黄红。苔黄，脉洪数等。若邪入中焦从湿而化， 则可出现太阴湿热证。

下焦病证 由于中焦病证失治，病邪传及肝肾，为温病的后期， 与卫气营血辨证的血分病证类似。病情危重， 预后不佳。主要表现发热不退，或持续低热，体热， 躁扰不安， 口干不饮， 大便秘结， 或见便血， 肚腹胀满，尿液短少， 神志昏迷， 卧地不起， 四肢抽搐，口色赤紫， 舌光无苔， 脉象微弱等。