生物技术疫苗是利用生物技术制备的分子水平疫苗，包括基因工程亚单位疫苗、合成肽疫苗、抗独特型抗体疫苗、基因工程活载体疫苗、DNA疫苗以及转基因植物疫苗。

1.基因工程亚单位疫苗：是利用DNA重组技术，将编码病原微生物保护性抗原的基因导入受体菌或细胞，使其在受体细胞中重新组合，分泌出新的保护性抗原多肽，提取纯化的抗原蛋白质，加入佐剂制成的疫苗。

2.合成肽疫苗：是用化学合成法人工合成病原微生物的保护性多肽，并将其两个或两个以上的氨基酸以共价链连接到大分子载体上，再加入佐剂制成的疫苗，如猪口蹄疫O型合成肽疫苗。

3.抗独特型抗体疫苗：是根据免疫学网络学说，用抗独特型抗体代替抗原体作为免疫原制作的疫苗，被称为抗独特型抗体疫苗或内影像疫苗。它不仅能诱导体液免疫，亦能诱导细胞免疫，并不受MHC(主要组织相容性复合体)的限制，并且具有广谱性，即对易发生抗原性漂移的病原能提供良好的保护力。

4.基因工程活载体疫苗：

(1)基因缺失疫苗：是用基因工程技术将强毒株毒力相关基因(致病基因)切除而构建的活疫苗。该苗安全性好，不易返祖，免疫力坚实，免疫期长，是较理想的疫苗，如猪伪狂犬病活疫苗(SA215株)。

(2)活载体疫苗：是用基因工程技术将保护性抗原基因插入到另一种载体微生物的某些部位，使之高效表达重组微生物或重组蛋白的活疫苗。

5.DNA疫苗：是应用基因工程技术把编码保护性抗原的基因与能在真核细胞中表达的载体DNA重组，这是一种最新分子水平的生物技术疫苗，能刺激机体产生体液免疫和细胞免疫。