1.肌肉注射：肌肉注射部位应选择肌肉丰满、血管少、远离神经干的部位。大家畜宜在颈部或臀部，猪宜在耳后、颈部或臀部，羊、犬、兔宜在颈部，鸡宜在翅膀基部或胸部肌肉。注射时要根据各种动物的大小和肥瘦程度不同，掌握进针深度，刺入太深(鉴于瘦小动物)，易伤骨膜、血管、神经，刺入太浅，如给牛、羊注射口蹄疫灭活疫苗时注射在皮下，或浅表组织，先疼痛肿胀，后结成硬块，长时间内难以消散;给大肥猪将疫苗注入脂肪内而不能吸收，起不到免疫效果。

2.静脉注射：注射部位，马、牛、羊在颈静脉，猪在耳静脉，鸡在翼下静脉。此法奏效快，可及时抢救患畜，主要用于注射抗病血清、破伤风抗毒素等进行紧急预防和治疗。

3.皮下注射：皮下注射宜选择皮薄、被毛少、皮肤松弛、皮下血管少的部位。大家畜宜在颈侧中1/3部位，猪宜在耳根后或股内侧，犬、羊宜在股内侧，家禽宜在翼下或颈背部下1/3处，兔宜在耳后。凡是能引起全身性广泛损害的疾病，用此法免疫效果较好。

4.皮内注射：皮内注射宜选择皮肤致密，被毛少的部位。马、牛宜在颈侧、尾根、肩胛中央，猪宜在耳根后，羊宜在股内侧或尾根部内侧，鸡宜在肉髯部位。此法适应于羊痘或皮内变态反应诊断动物结核病等。

5.饮水或拌料免疫：有些病原体常在入侵部位造成损害，免疫机制以局部抗体为主，如呼吸道疾病常以呼吸道局部免疫为主，而消化道疾病可用经口腔免疫模拟病原微生物的侵入途径进行免疫，所以饮水和拌料口服均可，因为要经过与口腔黏膜、扁桃体等接触，通过较丰富的淋巴样组织而产生抗体。饮水和拌料免疫由于动物个体饮水和采食量的差异，每个个体所获得的疫苗量不同，因而免疫程度不同。

6.点眼与滴鼻免疫：因为鼻腔黏膜下有丰富的淋巴样组织，能产生良好的局部免疫，点眼与滴鼻免疫效果相同。点眼与滴鼻免疫方便、快速，是最有效的免疫途径。

7.气雾免疫：通过喷雾压缩空气将稀释的疫苗喷射出，使之形成直径小于5μm的雾化粒子浮游在空气中，通过口腔、呼吸道黏膜等部位以达到免疫作用。

8.其他免疫途径：一些传染病通过给母畜注苗，使仔畜通过初乳获得被动免疫。如仔猪大肠杆菌病，在怀孕母猪临产前21d左右，注射仔猪大肠杆菌病K88、K99双价基因工程灭活疫苗，新生仔猪通过吃足初乳获得预防仔猪黄痢的母源抗体。