绝大部分的蛋白质(饲料的、内源的、微生物的和脱落粘膜的) 被蛋白分解酶降解至氨基酸。游离的氨基酸通过主动需能的载体系统(具有高度的结构特异性和需要钠离子) 而被吸收。有3种不同的载体分别对中性、碱性及酸性3类氨基酸起转运作用。各种氨基酸的吸收速度存在着明显的差异。被吸收的氨基酸几乎全部经门脉系统进入血液循环。可能由于肠粘膜的形态结构发生改变，某些天然蛋白质可被吸收。例如，新生幼犬的血液内几乎不含有r-球蛋白，但出生后不久喂以初乳，可能通过肠道接受抗体获得被动免疫能力，出生后数天肠上皮就变为对蛋白质不能透过。