在小肠内吸收的主要负离子是Cl-和HCO3-，一般情况下氯的吸收是顺着电化学梯度的被动转运过程，但是如果肠腔内氯浓度超过一定水平(如35毫当量/升) 就逆浓度梯度而转运。如果氯浓度低于35毫当量/升时，由于浓度梯度超过电化学梯度，氯就向相反方向移动。氯的吸收和钠的吸收是紧密相互平行的，所以大部分氯的吸收只是钠吸收的结果。HCO3-在空肠易被吸收，但从回肠吸收则需肠内HCO3-有高的浓度。当HCO3-的浓度在空肠内不到5毫当量/升或在回肠内约低于45毫当量/升时，则HCO3-由血液净流入肠腔内。在小肠内氯的吸收和碳酸氢盐的分泌存在紧密联系。