小肠以逆着浓度梯度吸收钙离子。钙离子与镁离子吸收具有共同的转运机制。在弱酸性溶液中钙、镁离子吸收速度较快，因此，小肠前段提供镁和钙吸收的适宜环境。钙和镁可被某些物质如植物来源的非丁所抑制吸收或形成不溶性的硫酸盐和磷酸盐而不能被吸收。钙离子的适宜主动转运需要充分的维生素D和正常水平的甲状旁腺激素。