有目的地决定公母猪的交配，即选择最适合的公母猪进行交配，以便获得品质更好的后代。选配是育种工作中非常重要的一个措施，如果只选出优良个体而不为它们选取合适的配偶，则选种的作用无法积累，也不可能产生期望基因组合的后代，不可能使猪群体性状朝预定目标发生遗传变化。选配时考虑的主要原则是交配双方的品质对比和亲缘关系，前者称为品质选配，后者称为亲缘选配。在品质选配时根据交配双方的品质对比，可分为同质选配和异质选配。同质选配是选取在性状表现上或育种值相近的优良公母猪交配，以便获得与亲本相似甚至超过亲本的后代。异质选配是选取具有不同优良性状或在同一性状上优良程度不同的公母猪(一般公的优于母的)进行交配，以期获得兼具双亲优点的后代或对某一性状有所改进。但异质选配不同于弥补(矫正)交配。亲缘选配则主要考虑交配双方的亲缘关系，可分为亲交(近交)与非亲交(远交)两类。亲交可以是全同胞交配、亲子交配、半同胞交配及其他各种类型的亲缘交配，一般只在育种中为了固定优良性状，淘汰不良性状，得到个别优秀祖先血统或使畜群一致时采用，不适当的高度近交或长期近交会出现近交衰退现象。因此，必须严格控制近交程度和速率，严格进行选择和淘汰，必要时进行血液更新，还应加强近交群后代的饲养管理。至于在商品场或一般的生产场，应严格禁止近交，而采取远交或杂交。