(一)物理消毒法

物理消毒法是指应用物理因素杀灭或清除病原微生物及有害微生物的方法。物理消毒法包括清除、辐射、煮沸、干热、湿热、火焰焚烧及滤过除菌、超声波、激光、X射线消毒等，是简便经济而较常用的一种消毒方法，常用于养殖场的场地、舍饲设备、卫生防疫器具和用具的消毒。

(二)化学消毒法

化学消毒法就是利用化学药物(或消毒剂)杀灭或清除微生物的方法，是生产中最常用的消毒方法，主要应用于养殖场内外环境中，畜禽笼、舍、饲槽，各种物品表面及饮水消毒等。常用的化学消毒方法如下。

1.浸洗法　如接种或打针时，对注射局部用酒精棉球、碘酒擦拭;对一些器械、用具、衣物等进行浸泡。一般应洗涤干净后再行浸泡，药液要浸过物体，浸泡时间应长些，水温应高些。养殖场入口和羊舍入口处消毒槽内，可用浸泡药物的草垫或草袋对人员的靴鞋消毒。

2.喷洒法　喷洒地面、墙壁、舍内固定设备等，可用细眼喷壶;对舍内空间消毒，则用喷雾器。喷洒要全面，药液要喷到物体的各个部位。一般喷洒地面，药液量为2升/米2，喷墙壁、顶棚，药量为1升/米2。

3.熏蒸法　适用于可以密闭的羊舍和其他建筑物。这种方法简便、省事，对房屋结构无损，消毒全面，如羔羊舍、饲料厂库等常用。常用的药物有福尔马林(40%的甲醛水溶液)、过氧乙酸水溶液。为加速蒸发，常利用高锰酸钾的氧化作用。

4.气雾法　气雾粒子是悬浮在空气中的气体与液体的微粒，直径小于200纳米，相对分子质量极小，能悬浮在空气中较长时间，可到处漂移穿透到羊舍内及空隙中。气雾是消毒液倒进气雾发生器后喷射出的雾状微粒，是消灭气携病原微生物的理想办法。羊舍的空气消毒和带羊消毒等常用。

(三)生物消毒法

生物消毒法是利用自然界中广泛存在的微生物在氧化分解污物(如垫草、粪便等)中的有机物时所产生的大量热能来杀死病原体。在养殖场中最常用的是粪便和垃圾的堆积发酵，它是利用嗜热细菌繁殖产生的热量杀灭病原微生物。但此法只能杀灭粪便中的非芽孢性病原微生物和寄生虫卵，不适用于芽孢菌及患危险疫病羊的粪便消毒。粪便和土壤中有大量的嗜热菌、噬菌体及其他抗菌物质，嗜热菌可以在高温下发育，其最低温度界限为35 ℃，适温为50～60 ℃，高温界限为70～80 ℃。在堆肥内，开始阶段由于一般嗜热菌的发育使堆肥内的温度高到30～35 ℃，此后嗜热菌便发育而将堆肥的温度逐渐提高到60～75 ℃，在此温度下大多数病毒及除芽孢以外的病原菌、寄生虫幼虫和虫卵在几天到3～6周内死亡。粪便、垫料采用此法比较经济，消毒后不失其作为肥料的价值。生物消毒方法多种多样，在养羊生产中常用的有地面泥封堆肥发酵法、地上台式堆肥发酵法，以及坑式堆肥发酵法等。