兔脑原虫 (Encephalitozoon cuniculi) 寄生于兔、鼠、犬等哺乳动物的脑、肾、肝、脾和其他器官引起的原虫病。病原体属微孢子纲(Microsporea)。兔脑原虫在组织中的滋养体呈杆状，两端钝圆，大小为0.8～1.2μm×1.5～2.5μm。其孢子有两部分构造，一端为孢子体(sporoplasm)，另一端为一弹簧状的极丝 (polar-fila-ment)。主要侵害脑组织、肾小管上皮细胞和巨噬细胞。在神经细胞和巨噬细胞等组织中可以发现类似弓形虫形成的那种假包囊，内含100个以上的滋养体。一般呈隐性感染。兔发病率约15%～76%，患兔出现麻痹、摇头、虚弱、生长迟缓等症状;脑、肝、脾、心肌出现小的肉芽肿，肾呈慢性间质性肾炎。诊断可以病理组织学方法检查病原体，或用尿检查法寻找兔脑原虫的孢子。可用烟曲霉素治疗。注意加强卫生措施，淘汰患病动物。