继《内经》后问世的《伤寒论》是中医学最早论述外感病辨证论治的一部典籍。它虽以“六经”为辨证体系，但其具体证治亦反映了畜体上、中、下三部分所属脏腑及其经络的病变，这与“三焦”辨证以阐述脏腑病变为主要内容的精神是一致的。事实上“三焦”辨证中的大多数证候，其名称与“六经”辨证是相同的，如阳明病、太阴病、厥阴病、少阴病等。其中有的证候性质完全相同，如阳明病证;有的有近似之处，如“六经”少阴病中的热化证，与“三焦”下焦少阴病的阴虚火炽证基本一致;其他一些病证如太阴病、厥阴病等名称虽同，但“三焦”辨证已根据温病特点确立了新的内容而与六经证性质有别。由此可见，温病学中的“三焦”辨证实与《伤寒论》的“六经”辨证在内涵上有着一脉相承的联系。前者是后者的发展和充实，后者是前者的基础和渊源。此外，《伤寒论》“六经”证治在阐述具体证候时亦曾以“三焦”来区分病位。如在论述下焦不固滑泄证时说：“伤寒服汤药，下利不止，心下痞硬，服泻心汤已，复以他药下之，利不止，医以理中与之，利益甚。理中者理中焦，此利在下焦，赤石脂禹余粮汤主之。复不止者，当利其小便。”文中所说的“中焦”、“下焦”即反映了下利的不同病位所在。《金匮要略》则更明确论述了上、中、下焦的某些病证，把某些病证按其所病部位、脏腑划分为上、中、下三类证候，如《金匮要略》中说：“热在上焦者，因咳为肺痿;热在中焦者，则为坚;热在下焦者，则尿血，亦令淋秘不通。”即是以“肺痿”为上焦热证，“坚”为中焦热证，“淋秘溺血”为下焦热证。这些论述对后世“三焦”辨证以三焦区分不同证候的病位所在有很大启发。在《伤寒论·平脉篇》中则用三焦病机分析温热病的病理变化：“上焦怫郁，脏气相熏……中焦不治，胃气上冲，脾气不转……下焦不阖，清便下重，令便数难，脐筑湫痛，命将难全。”

继《伤寒论》、《金匮要略》之后的一些医学著作，在论述具体病证时有时亦曾提及“三焦”，从其含义看，大多为病位概念。如《诸病源候论》中说：“客热者，由于脏腑不调，生于虚热，客于上焦，则胸膈生痰实，口苦舌干;客于中焦则烦心闷满，不饥不食;客于下焦，则大便难，小便赤涩。”在论述大便不通时还曾说：“大便不通者由三焦五脏不和。”论述淋证时又说：“热淋者，三焦有热。”其前者所说“三焦”可能是概括整个胸腹部位，后者所说之三焦是指具有化气行水功能的一个脏器系统，即六腑的三焦。到金元时代的刘完素进一步把三焦作为温热病的分期，即把热性病之初期称为上焦病证，把温热病后期称为下焦病证。如《素问病机气宜保命集·小儿斑疹》中提出斑疹“首尾不可下者，首曰上焦，尾曰下焦”。宋代严用和的《济生方》在论述胃痛时把其病机概括为“邪正交击，气道闭塞，郁积中焦”，明确提出中焦是胃病的病位所在。而在《医学正传·医学或问》中明确提出：“胸中肓膜之上，曰上焦;肓膜之下，脐以上，曰中焦;脐之下，曰下焦。”这些都是以三焦来划分部位，而运用三焦分部概念区分外感热病病位所在，并进而进行论治的则主要始于元明时代。元代医家罗天益在《卫生宝鉴》中对温热病已提出了按邪热在上、中、下焦和气分、血分不同的病位制方用药的见解，开温热病运用三焦分部进行辨证施治的先河。明末温病学家吴又可在《温疫论》中论述阳明腑实证时亦曾用三焦概念来分析病机。他说：“肠胃燥结，下既不通，中气郁滞，上焦之气不能下降，因而充积，即膜原或有未尽之邪，亦无前进之路。于是表里、上中下三焦皆阻，故为痞满燥实之证。”可见这里所说的三焦主要是指胸腹范围的上下部位而言。清初医家喻嘉言在《尚论篇·详论温疫以破大惑》中提出：“从鼻从口所入之邪，必先注中焦，以次分布上下，故中焦受邪，因而不治，中焦不治，则胃中为浊，营卫不通，血凝不流，其酿变即现中焦，俗称瓜瓤瘟、疙瘩瘟等证，则又阳毒痈脓，阴毒遍身青紫之类也。此三焦定位之邪也……温疫之邪则直行中道，流布三焦，上焦为清阳，故清阳从之上入;下焦为浊阴，故浊邪从之下入;中焦为阴阳交界，凡清浊之邪，必从此区分。”同时，还根据邪在三焦部位的不同提出了相应的治则，明确提出了分三焦论治的概念。他说：“未病前予须预饮芳香正气药，则邪不能入，此为上也。邪既入则中以逐秽为第一要义。上焦如雾，升而逐之，兼以解毒;中焦如沤，疏而逐之，兼以解毒;下焦如渎，决而逐之，兼以解毒。”这一论述对后世温病学三焦辨证论治体系的确立颇具启发作用。

清代著名温病学家叶天士虽创立“卫气营血”作为温病辨证论治的理论基础，但其中亦贯通了“三焦”脏腑的辨证内容。他在《温热论》开头所提出的“温邪上受，首先犯肺，逆传心包”即体现了上焦肺和心的病变。论中所述的“三焦不得从外解，必致成里结，里结于何，在阳明胃与肠也”体现了邪在中焦胃肠的病变。至于下焦病变，论中在论述斑疹及舌苔变化的病机时，曾多次提到下焦肾阴亏损的病机变化。如在论发斑时曾说：“其人肾水素亏，虽未及下焦，先自彷徨矣。”在论述绛舌时提到：“其有舌绛而不鲜，干枯而痿者，肾阴涸也。”阐述了下焦病变以肾阴损伤为主。此外，叶氏在《临证指南医案》中有时也提及“三焦”病位。如所载的杨姓案中提到：“面赤足冷，上脘痞塞，其为上焦受病显著……上焦不解，漫延中下，此皆急清三焦是第一章旨。”从上可见，叶氏辨析证候已有不少“三焦”内容，但尚未形成系统的理论体系。

继叶氏之后的著名温病学家吴鞠通，在继承前人经验，特别是叶氏学术思想的基础上，结合自己的实践体会，明确提出了“三焦”辨证的温病学辨证体系以与叶氏的“卫气营血”辨证体系相辅而行。他在其所著的《温病条辨》中乃以上、中、下三焦为纲，分类论述四时温病发展过程不同阶段的证治。他在描述温病发展过程时说：“温病由口鼻而入，鼻气通于肺，口气通于胃。肺病逆传则为心包。上焦病不治，则传中焦，胃与脾也;中焦病不治，即传下焦，肝与肾也。始上焦，终下焦。”阐明了“三焦”辨证的内涵，实即人体上、中、下三部所属的脏腑病变。以脏腑为主要内容的“三焦”辨治体系建立，补充了“卫气营血”辨治体系的不足，完善了温病辨证的理论体系。这亦反映了温病过程的病机变化主要是人体脏腑气血的机能失调和实质损害。由此不难理解，“三焦”辨治理论的提出与“卫气营血”辨治理论一样，均是临床实践经验的总结，是对温病病变宏观规律的揭示，因此对温病辨证论治具有重要的指导意义。

从上述回顾中可以看出，“三焦”辨治体系的形成，从其内涵的演变看可以分为四个阶段：第一阶段是《内经》中有关“三焦”部位的论述，其内涵是将人体胸腹划分为三个部位，是后世“三焦”辨证形成的最早依据;第二阶段是指从《伤寒论》开始直至唐宋时期的一些医学文献，对于“三焦”的论述已从部位概念，引申为病位概念，运用于临床以阐述各科病证的病位所在，作为辨证施治的依据之一;第三阶段是指从金元开始至明末时期，不少医学文献已将“三焦”病位概念较多地用以说明外感热病的病变部位，这为以后形成温病三焦辨治体系，奠定了坚实的基础;第四阶段则是指清代温病学家，在总结前人关于三焦病位理论的基础上，提出了三焦辨治的完整体系，运用于温病辨证论治，为温病学的形成奠定了基础。

后来，不少医家，也曾提到“三焦”二字。三焦学说在温病学上的应用，起于清朝吴瑭。吴氏，字鞠通，江苏淮阴人，生于清乾隆嘉庆(公元1736～1820年)间。由于吴氏经历了多次温热病的流行，因而他便专志于温热病的研究，对温热的病机，认为是从三焦而变化的，所以他把风温、温热、湿温、温役、秋燥等病，都分做上焦、中焦、下焦来论述。并著《温病条辨》一书，他在该书中说：“温病自口鼻而入，鼻气通于肺，口气通于胃，肺病逆传，则为心包。上焦病不治，则传中焦胃与脾也，中焦病不治，即传下焦肝与肾也。始上焦，终下焦。”又说：“湿之为物，包含于土中，上焦与肺合者，肺主太阴湿土之气，肺病湿则气不得化，有霜雾之象，向之火制金者，今反水克火也，故肺病而心亦病也。故上焦一以开肺气，救心阳为治。中焦与脾合者，脾主湿土之质，为受湿之区，故中焦湿证最多。脾与胃为夫妇，脾病而胃不能独活。再胃之脏象为土，土恶湿也，故开沟渠，运中阳，崇刚土，作堤防之治，悉在中焦。上中不治，其势必流于下焦，下焦乃少阴癸水，湿之质即水也，焉得不与肾水相合。吾见湿留下焦，邪水旺一分，正水反亏一分，正愈亏而邪愈旺，不可为也。故治少阴之湿，一以保肾阳，使火能生土为主。”由此可知，三焦辨证是以湿为主，以热次之，若上焦不治，则水泛高源，中焦不治，则水留中脘，下焦不治，则水乱二便。上焦是湿热伤畜的初期，其病位主要在肺和皮毛，其症状如弓腰乍毛，鼻流清涕，发热转微等。湿热入中焦，是湿热病的中期阶段，主要表现脾胃湿热的症状，如食少、苔白兼黄或厚腻等。湿热达下焦，为病的危重阶段，应抓紧医治，不可整冠束发。下焦湿热，病变重点在大肠与膀胱，以大小便的异常症状为主，如小便不通、粪稀臭犹粥等。总之，三焦辨证，是根据湿邪的特点以及三焦本身水与气的通路来决定的，通过湿热侵犯畜体的脏腑部位和先后次序，划分成上、中、下三个部分，也是湿热病的轻、中，重的三个阶段。