有关三焦证治理论的现代研究远不及卫气营血理论研究的深入广泛，主要是在文献整理、内涵揭示、意义评价等方面做了一些理论阐述，而在临床运用、实验研究等方面大多未专门进行，只是在卫气营血和脏腑辨治理论研究中结合了部分内容。

对三焦辨证体系的理论研究，首先是通过文献整理探讨其学术渊源;继之从临床实际出发阐述其意义和作用，以及与卫气营血在运用上的关系。如前所述，“三焦”一词最早见于《内经》，而吴鞠通所提出的“三焦”辨证，其内涵与之不尽相同。近年来通过文献整理、源流探讨，较为准确地揭示了温病“三焦”辨证体系与《内经》所述三焦的关系。研究结果表明，《内经》所述“三焦”与吴鞠通所确立的温病“三焦”辨证体系，内涵虽然不同，但两者也有着一定的内在联系：前者主要是指人体胸腹上、中、下三个部位的划分及其功能表现，它属于生理学范围的内容;后者则是指温病过程中人体上、中、下三个部位所属脏器的病机和证候，其内容属于病理学范围。由此可见，前者是后者形成体系的基础，后者则是在前者的基础上结合温病的临床实践在内容上加以充实发展而形成的。这种在内容上既有联系又有区别的学术特点，是中医学不断发展，学术内涵不断演变、不断充实的体现。

随着对温病三焦辨证之学术渊源的探讨和阐明，有关三焦辨证的意义亦从理论和实践的结合上作了确切的评价。首先根据《温病条辨》的阐述说明了“三焦”的内涵，主要是指居于人体胸腹部位的一些重要脏器，而作为温病的辨证体系则是指这些脏器在温病过程中所产生的病机变化、证候表现及其内在联系。这就比较确切地明确了有关三焦辨证的一些认识：三焦并不仅是指人体胸腹上、中、下三个部位，而主要是指其中所属的脏腑，且只限于心肺、脾胃、肝肾等几个重要脏器;三焦辨证所揭示的脏腑病变，具体病机主要侧重于温病方面，与内科杂病脏腑辨证的内容有所不同;三焦辨证所属的各个脏腑病变虽然病机证候各具特点，但在温病过程中又是互相联系密切相关的一个整体，三焦辨证能基本上反映出温病的传变规律并由此而在治疗上有其规律可循。这就是三焦辨证之所以能成为一个独立体系而有别于一般脏腑辨证的根据所在。

随着对三焦辨证内涵的揭示，对其实践意义的评价亦随着研究的深入而更为准确和深刻。近代研究温病的学者对吴鞠通三焦辨证的临床意义有较多评价，认识亦不尽一致。其中有的认为三焦辨证主要代表了温病发展过程初、中、末三个阶段;也有的认为三焦辨证主要是体现了上、中、下浅深不同的病位。还有的认为三焦辨证主要适用于湿热病证，其理由是：三焦由上至下的传变次序，正符合水湿自上流下的特点。进而便提出卫气营血辨证主要适用温热性质的温病，而三焦辨证则适用于湿热性质的温病。此外，还有人提出温病辨证应以卫气营血理论为主体，三焦理论为补充，或将三焦证治内容全部充实到卫气营血理论中去而不再另立体系。上述种种见解虽均有一定根据，但细加分析不难看出，它们都只是从某一个方面论述了三焦辨证的意义和作用，而没有能全面确切地体现出其全部意义。随着研究的深入，对三焦辨证意义阐述日趋客观和全面。文献报道指出，论证三焦辨证的意义，首先是概念上必须根据吴鞠通所揭示的内涵加以阐述，只有这样才能准确表达其含义，绝不能偷换概念。如前所述，吴氏所述“三焦”乃是指人体胸腹部上、中、下所属的主要脏器，而不只是简单地指上、中、下三个部位，更不是指《内经》中所说六腑之一司气化水湿通行的三焦。其意义也不仅是标示初、中、末三个发展阶段。再就其具体内容而言，吴氏所揭示的三焦脏腑病变在《温病条辨》一书中已清楚地阐明，它既有湿热性质的证候(主要指足太阴脾病证)，也有温热性质的病证，且后者所占的比重更大，此其临床运用并不限于湿热病证。如果以“三焦”司化气利水为理论依据来论证其意义，断言三焦辨证主要用于指导湿热病证的辨证，那是不确切的。作为“决渎之官”的三焦，乃是指主司人体水液代谢的一个独立系统，其内涵与吴氏所述三焦辨证显然不同，两者混为一谈，势必造成概念上的混乱。至于三焦辨证与卫气营血辨证孰主孰次，以及能否以卫气营血理论为主统括三焦的问题，近年来的研究结果认为，并无必要作出肯定回答或强行加以统一，而应当从理论和实践的结合上加以审视，进行具体分析。实践证明，三焦辨证与卫气营血辨证在运用上既各具特点，又有着内在联系。其中三焦辨证是以脏腑为核心的辨证体系，它以“纵”的形式由上至下地揭示温病发展的一般规律，而卫气营血辨证则是以气血为主要基本内容的辨证体系，它以“横”的形式由表及里地阐述了温病发展的一般过程。由于人体脏腑气血的密不可分，决定了三焦辨证与卫气营血辨证在内容上的互相渗透和互为补充，从而构成了温病辨证的完整体系。研究结果认为三焦辨证的临床意义，准确而完整的表述应是：揭示病位、阐述病机、区分证候、识别传变、标示轻重、提示阶段、指导治疗。它较之卫气营血辨证，更具有病位明确、病机单纯、证候典型等特点。其作用并非卫气营血辨证所能代替，其内容亦非卫气营血辨证所能全部统括。因为气血、脏腑各具生理功能，在温病过程中所产生的病理变化亦自有异，因此在辨证的运用上，各有其适应范围。运用时只有把两者结合起来才能适应客观临床实际的需要。脏腑气血虽密切相关，但又自成体系，如人为地把三焦辨证统括到卫气营血辨证之内，势必造成卫气营血辨证内容庞杂，理论阐述牵强附会，在指导辨证论治上缺少规律性等弊端。

关于对三焦所属脏腑证候本质的揭示，目前虽无全面、系统研究的报道，但临床上结合有关病种研究，从中西医结合角度对其中的一些脏器病证进行本质探讨在文献中则屡有介绍。概括起来说，其认识大体如下：上焦手太阴肺经证候主要见于呼吸系统某些急性感染性疾病和传染病。其中肺卫表证与急性上呼吸道感染的病理改变基本一致，即以上呼吸道炎症与体表神经一血管反应为主。而肺热里证，则与急性支气管炎、肺炎等病的某些类型或某一阶段的肺部炎症变化类同。上焦手厥阴心包证则主要是由于严重感染所造成的中枢神经系统严重病损(例如变性、坏死)而导致机能严重紊乱的结果。中焦阳明证主要见于炎症感染的极盛期阶段。其中阳明经证多为毒血症高热所引起的失水及电解质紊乱等病理变化，而阳明腑证则在此基础上产生中毒性的肠肌运动机能紊乱甚至发生肠麻痹，以及中毒性的中枢神经系统机能障碍。下焦肝肾病变则见于多种急性感染和传染性疾病的后期衰竭阶段，现代研究表明，其病理变化主要表现为主要脏器如心、肺、脑、肝、肾等的严重损害，几乎已经丧失代偿能力，因此进入本期，标志病情极为严重，死亡率也较高。

从上可见，温病三焦辨证所包括的脏腑病变，是可以用现代病理学等加以印证的。综合起来可以这样认为：上、中、下三焦脏腑病变其实质就是反映温病整个发展过程中主要脏器在温病病邪作用下所致的机能障碍和实质损害。温病整个过程不同阶段所反映出的种种证候就是这种内在变化及其动态演变的具体体现。

通过对“三焦”学术渊源的历史回顾，对三焦辨证临床意义和运用规律的揭示，以及近代对三焦辨证本质认识的介绍，可以看出温病三焦辨证体系的形成并不是偶然的，它有着坚实的理论基础和实践依据。《内经》有关“三焦”部位概念的提出及其以后有关“三焦”病位的论述，为温病“三焦”辨证体系的建立提供了理论依据，而临床上温病的证候表现及其演变的客观规律则是确立三焦辨证的实践依据。它的形成，是中医学理论不断发展的标志，是人们对外感热病本质认识不断深化的结果。正由于它是对温病发展及相应证候的一种规律性揭示，因此在临床上具有指导辨证论治的实践意义，而且在具体运用上也有一定的规律可循。近年来的实验和临床研究证明，三焦辨证的客观规律是可以运用现代医学科学的方法加以验证的，是中医学研究中值得进一步探讨的一个领域。