某一个体(二倍体生物)任何位点上的两个相同基因来自其父母共同祖先的同一基因的概率。也就是这个个体会是同源纯合子的机会。或定义为个体所由形成的两个配子间的相关系数。近交系数多用F来表示。近亲交配是家畜育种工作的重要手段，它有多方面的用途。但使用过程， 又会产生近交衰退现象(见近交)。因此，在育种工作中需要有一个衡量和表示近交程度的数量指标， 特别是当采用不规则的近交时。一般用近交个体(近交所生子女)的近交系数来作为衡量近交程度的指标。

近交系数的计算公式 个体X的近交系数 (Fx)计算公式如下：

式中 n为个体X的父亲通过共同祖先到X的母亲的代数 (即箭形系谱图中通过共同祖先连接父母的箭头数);FA代表共同祖先本身的近交系数，A是共同祖先; Σ为求和符号;p为通径链的总数(i=1，2，…，p)。通径链在此指从X的父亲通过共同祖先到X的母亲的通路。由于父亲和母亲的共同祖先有时不止一个，而且通过同一共同祖先的通路有时也不止一条，因此需要对每条通径链求(1/2)n(1+FA)的值，然后再相加。

当共同祖先不是近交个体时，由于FA＝0，上式即简化为：

从上述公式可见， 共同祖先与父母相隔的代数愈近，或共同祖先愈多，则个体X为非近交后代时，Fx=0。

近交系数计算示例

半同胞交配所生子女的近交系数

FX＝1/2 〔(1/2)2 (1+0)〕=0.125=12.5%

全同胞交配所生子女的近交系数