1.正确选用活菌制剂： 不同的微生物活菌制剂产品效能不同，使用时应充分了解其微生物种类和作用。

2.掌握使用剂量： 活菌制剂的使用效果取决于动物摄入活菌的数量，一般认为每克日粮中活菌 (或孢子) 数以2×105～2×106个为佳。有关活菌制剂用量的报道不多，难以列出各种制剂用量，应按各产品说明使用。作饲料添加剂的活菌制剂在饲料中的添加率常为0.02%～0.2%。

活菌制剂的添加效果，还受活菌制剂稳定性、饲料成分、贮存条件和时间等影响，故使用时要注意产品的有效期，并应低温、干燥、避光存放。

3.注意使用时间： 活菌制剂在正常情况下尽管亦有一定的添加效果，但主要是在消化道内环境失调、抗病力差的幼畜及各种应激状态动物饲料中使用效果显著。例如在养猪生产中，活菌制剂主要是在出生、断奶及刚进入生长肥育圈中时三个关键时期使用，以预防肠道疾患。预防仔猪下痢，宜在母猪产前15天使用; 用于控制仔猪断奶应激性腹泻，可从仔猪断奶前2天开始饲喂至断奶后第5天。

4.注意使用对象： 不同微生物菌株与动物及其消化道特定微生物区系的相互作用有一定的特异性，应用于一种动物的制剂不宜用于另一种动物，如有些活菌制剂仅用于反刍动物，而对单胃动物则无明显添加效果。

5.避免与不相容的抗生素或合成抗菌药物同时使用。