研究免疫的遗传本质和免疫应答基因调控的理论。涉及抗体多样性的基本调控、组织相容性抗原、免疫球蛋白的遗传标志和某些动物品系对某些抗原缺乏应答等研究内容。

自20世纪40年代发现移植排斥反应为一种免疫现象后， 又证明引起组织相容和不相容的抗原也是由遗传控制的， 并将其称为主要组织相容性抗原; 进而又证实， 组织相容性抗原和血型抗原一样， 都是动物个体的遗传标记。这一理论在畜牧业生产中常用于系谱登记、亲子鉴定和各地方品种、品系的群体遗传分析，其中某些抗原基因尚与动物生产性能和抗病性的基因相连锁， 因此可用作优良品系的选育和杂交组合的选择。

在免疫实践中， 人工免疫群体中，不同个体的免疫应答水平差异很大， 此种差异被认为与个体免疫应答基因(Ir基因) 的遗传性有关。对人工抗原(DNP-PLL)有应答的纯系豚鼠(株2)和无应答系(株13)， 二者杂交的F1代均为有应答者; 自交F2代， 有应答与无应答的比例为3：1，如与无应答系回交则其后代比例为1：1，完全符合孟德尔的遗传定律， 表明对该人工抗原的应答是受显性基因控制的。

高等动物能对数以百亿计的抗原决定簇表现免疫应答， 产生与之相对应的抗体。这是由抗体基因所决定的。