以少数几个核苷酸(多数为2～4个)为单位多次串连重复的DNA序列。也称为简单序列重复(simple sequence repeats，SSR)、短串连重复(short tandom repeats)或简单序列长度多态性(simple sequence length polymorphism)。微卫星标记是随PCR技术而广泛应用起来的，由于其序列简短，通过PCR很容易从基因组DNA中特异性地扩增出来，大大简化了微卫星多态性分析的操作。研究者只需在目标基因座设计一对或多对引物，通过PCR反应从模板DNA中将该基因扩增出来，然后进行电泳分离，染色显带即可，无需探针和同位素标记以及分子杂交等繁琐操作。微卫星分子标记的另一优点是在基因组中分布广泛，而且多态性丰富。研究表明，在真核生物中大约每隔10～50kb就存在一个微卫星，哺乳动物基因组中约有(5～10)×104个这种微卫星;而且呈等显性遗传，可以从电泳结果中直接区分纯合体和杂合体基因型。因此，这种分子标记已被广泛应用于构建基因图谱、种质鉴定、亲缘关系分析、分子标记与经济性状关系分析及遗传疾病诊断。