随机扩增多态性DNA。是Williams等人于1990年首创的一种DNA技术。它以PCR为基础，利用人工合成的约10bp的随机序列寡核苷酸作引物，以生物的基因组DNA为模板，进行PCR扩增，产生不连续的DNA产物，通过琼脂糖凝胶电泳来检测DNA序列的多态性。RAPD反应的循环次数可多达40～50次，每次循环中，双链DNA在95℃的高温下变性，解开双螺旋成为单链模板，然后在低温(36℃)条件下与随机引物结合，在DNA多聚酶的作用下，按碱基互补原则沿5′至3′的方向把核苷酸链延长，完成DNA复制。如此反复数十次，可以使单一的DNA序列扩增105～107倍。RAPD标记的优点是简单易行，扩增的周期短，需要的DNA量少，无放射性;标记数量多，可覆盖基因组中所有座位;合成的引物可用于任何生物基因组的分析，有商业化的成套引物试剂盒出售。因此，此种标记已广泛用于猪的种群分类鉴定、遗传连锁图谱的建立、基因定位、杂种优势分析和标记辅助选择。缺点是RAPD是一种显性标记，不能区分纯合子与杂合子;易受实验条件的影响，表现为扩增产物的稳定性差。