净化伪狂犬病对于疫苗的选择非常关键。免疫猪被猪伪狂犬病野毒感染后，通常野毒不能透过胎盘感染胎儿，仅能侵袭猪只的上呼吸道组织，免疫猪野毒排毒量大大减少，至少比非免疫猪少1000倍以上，排毒期也可缩短4-7倍。但是，感染的猪伪狂犬病野毒可以在三叉神经节等神经组织中潜伏，且当猪只受体内外各种因素的影响而活化时繁殖和排毒。这是免疫猪群中猪伪狂病野毒感染持续高水平阳性率的根本原因。
但是：要想控制和净化猪伪狂犬病就一定要预防或减少野毒的潜伏感染。 临床表明，使用不同的疫苗毒株、剂量、接种途径影响免疫接种对猪伪狂犬病野毒潜伏感染的预防。一般来说，灭活疫苗诱导产生的抗体水平不如弱毒疫苗，更重要的是，即使通过改善佐剂或多次免疫使灭活疫苗能够诱导与弱毒疫苗相当的抗体水平，但由于灭活疫苗不能在三叉神经等伪狂犬病毒潜伏组织中增殖，因而完全不能预防甚至减少野毒的潜伏感染，另外一些TK基因缺失的弱毒疫苗也不能有效地阻止潜伏感染。
但一些毒株如Bartha毒株弱毒疫苗，则不仅能诱导高水平的抗体，而且除能在注射部位和周围淋巴结繁殖外，还能在伪狂犬病毒潜伏组织中有限增殖，并可透过鼻腔和扁桃体有限排毒，由于这种“占位”作用，使弱毒疫苗能够预防或至少减少潜伏感染，已经知道鼻腔内接种弱毒疫苗亦有助于预防或减少潜伏感染。
