一、病原的不同
猪细菌性疾病的病原是细菌，猪病毒性疾病的病原是病毒。病毒是极其微小的生物体。细菌比病毒大了许多。利用细菌为人类服务早在有人类文明就开始了，目前为止利用病毒为人类服务的很少。不过在猪上面应用有一例：英国莱斯特大学的Martha Clokie教授将带领团队研究使用病毒来治疗猪的细菌性感染。
二、发病的病程不同
猪细菌性疾病发病的病程一般较短，发病急。猪病毒性疾病发病的病程一般较长，需要潜伏一星期左右发病。
三、致死性不同
猪细菌性疾病一般会造成猪只死亡；猪病毒性疾病一般很少造成猪只死亡，但由其引发的并发症往往是致命的。
四、病猪发病量不同
猪细菌性疾病发病猪发病数量一般少，不集中；猪病毒性疾病发病猪发病数量一般较大，并快速扩散。
五、发病猪体温变化不同
猪细菌性疾病发病猪体温一般较高，张弛热型；猪病毒性疾病发病猪体温一般稍高，稽留热型。
六、死亡猪的体况不同
猪细菌性疾病发病死亡猪的体况一般较肥；猪病毒性疾病发病死亡猪的体况一般较消瘦。
七、病猪粪便不同
猪细菌性疾病发病猪粪便一般单一颜色的糊状成分为主；猪病毒性疾病发病猪粪便一般多种颜色，水样成分。细菌性腹泻的粪便一般为碱性，病毒性腹泻的粪便呈酸性。凡细菌性疾病，它攻击对象是不分种类的，常见的是人，猪，狗，禽交叉感染。病毒攻击对象是分种类的，猪的不一定感染狗，就像人不得猪瘟一样。
八、病猪病变特点不同
猪细菌性疾病发病猪病理变化一般脓性、炎性渗出物居多，猪病毒性疾病发病猪病理变化一般以充血、出血、坏死灶为主。
九、病猪出血点变化不同
猪细菌性疾病发病猪出血点变化一般均匀，鲜红色；猪病毒性疾病发病猪出血点变化一般点状或斑状，颜色暗。
十、病猪神经症状不同
猪细菌性疾病发病猪一般神经症状也有，但较病毒行疾病少见；猪病毒性疾病发病猪一般神经症状易出现。
十一、病猪关节变化不同
猪细菌性疾病发病猪关节变化一般肿大，跛行；猪病毒性疾病发病猪关节变化一般软，不肿。
十二、抗生素使用效果不同
细菌对抗生素敏感，病毒几乎对现有的抗生素不敏感。
十三、病猪处置方法不同
猪细菌性疾病使用抗生素是首选；猪病毒性疾病首选的是加强护理，适当利用抗生素控制并发症的发生，不过能有疫苗免疫最好。
